2022年10月29日，由深圳國家基因庫和深圳華大生命科學研究院共同研發的時空組學數據庫V1.0版本（STOmicsDB）在國家基因庫生命大數據平臺（CNGBdb）正式上線，致力于促進時空組學的數據探索和學術研究。

      STOmicsDB率先建立時空組數據歸檔標準，實現時空組學不同層次數據的整合，并形成時空組學數據生態圈，是國際領先的時空組學綜合平臺。

      數據資源 | 超全文獻+數據資源：STOmicsDB可實現時空組學不同層次數據的整合，對公共數據庫的6000多篇文獻進行數據挖掘，聯合時空數據匯交系統，策劃了141個時空組學數據集，收錄超1000張時空切片數據，覆蓋全面的時空組文獻和數據資源。

      數據歸檔 | 全新時空匯交標準 填補領域空白：面對全新的時空組數據類型，STOmicsDB率先建立時空組數據歸檔標準，以數據驅動的形式，為時空組數據的統一匯交和開放共享建立基礎。

      數據生態 | 時空組學數據生態圈：STOmicsDB提供一站式服務，包括：文獻追蹤→ 數據獲取→ 可視化探索 → 在線分析 →  數據歸檔→ 時空專輯數據庫發布，覆蓋時空組學數據全生命周期。

      成果發表 | 時空專輯數據庫科研成果發布：STOmicsDB已支撐Nature、Science、Cell在內的11篇文章發表，包括【時空組學聯盟第一批生命發育時空圖譜】覆蓋小鼠、斑馬魚、果蠅、擬南芥四種模式生物胚胎或器官發育，【蠑螈腦再生時空圖譜】等。

      為什么要搭建STOmicsDB？

      時空組學技術從時間和空間維度上，對生命發育過程中的基因和細胞變化過程進行超高精度解析，在腦科學研究、疾病研究、物種發育、生命起源等領域開展研究，全面提升了人類對生命認知和疾病定義。

      隨著時空組技術的發展，產生海量時空組數據，缺乏統一的數據歸檔標準和專業的數據資源庫，以數據驅動為導向的大數據整合、挖掘與解析面臨挑戰，生命科學領域亟需建設一個時空組學數據庫。

      STOmicsDB：“一站式”賦能時空組學研究

      面對新挑戰，深圳國家基因庫聯合深圳華大生命科學研究院共同研發時空組學綜合資源平臺——時空組學數據庫STOmicsDB，為充分探索時空組學數據，服務基礎科學研究，構建標準化數據分析流程，搭建結構化元信息審編模型，強力支撐時空領域的科學研究。

上圖STOmicsDB V1.0架構

      ?科研資源多維解析  全面提升檢索效率

      STOmicsDB通過機器學習和人工策劃，已收錄時空組學主題6000多篇文獻和141個數據集，建立了基于時空文獻的知識圖譜，從文獻、數據集、研究人員、數據分析方法、實驗技術，5個維度全面探索時空知識，以多維度的數據檢索，提升科研資源檢索效率。同時，我們邀請文章作者和專家對時空文獻進行文獻解讀，發布于文獻解讀專欄（Report板塊），方便科研人員在第一時間獲取最新的時空資訊。

      ?時空數據生態閉環  推進領域科研轉化

      STOmicsDB提供數據資源中心、數據在線分析、交互式可視化工具、數據歸檔服務，時空專輯數據庫等服務，形成時空組學數據生態圈，科研人員可以通過在STOmicsDB完成時空組學數據的安全管理、在線分析和可視化探索，實現最大化發現數據價值，加速時空組學領域科研成果發表和應用轉化。

      【Dataset-時空組學數據集】

      STOmicsDB通過時空數據匯交系統和深度挖掘公共數據資源，將相互獨立的公共數據資源，進行數據質控和標準化分析，整合不同層次時空組學數據，形成了一致可對比的數據集。

      時空數據集搭載了時空圖譜可視化工具，基于WebGL引擎，兼容web瀏覽器，渲染高性能的交互式3D圖形，秒級響應百萬spot數據，有助于時空組可視化瀏覽和深度挖掘。

      【Submission-時空組學數據歸檔】

      STOmicsDB實現時空組學不同層次數據的收錄與整合，建立了空間轉錄組數據歸檔標準，為全球時空組數據的統一匯交和開放共享建立基礎。同時提供時空組數據可視化工具，將空間特異性數據用圖形界面進行展示，方便研究者更加直觀地探索和分析數據，以數據驅動的形式，支持前沿科學發現和技術創新。

      【Analysis-時空組學數據分析】

      Analysis模塊作為時空數據的分析利器，提供了Gene search、Compare、SingleR三種分析工具。通過跨數據集聯合分析的功能，幫助科研人員從全局角度對時空組數據進行對比，從多維度查看不同物種、不同發育階段、不同疾病進程、不同癌癥種類、正常與疾病分組的基因表達等數據差異。

      【Collections-時空專輯數據庫】

      STOmicsDB以“時空專輯數據庫”發布科研成果，構建數據庫是對測序數據和分析數據的最好管理方式，時空專輯數據庫提供時空圖譜可視化分析工具和3D可視化工具進行數據探索，支持Aspera等高速下載工具，全面提升成果轉化率，推動領域創新發展。

      目前Collections模塊已發布7個時空組數據專輯，包括時空組學聯盟第一批生命時空圖譜專輯數據庫，覆蓋小鼠、斑馬魚、果蠅、擬南芥四種模式生物的時空圖譜，蠑螈腦再生時空圖譜，猴腦時空圖譜等。

      【Codeplot-時空生態建設與人才培養】

      此外，研發團隊在國家基因庫可信計算平臺Codeplot搭建了STOmicsDB數據集，部署了STUtility等時空組學分析工具，加強了時空數據的可拓展性，國家基因庫攜手一線科研工作者，將開展《時空組訓練營》公益課程，助力時空生態建設與人才培養。

      如何訪問STOmicsDB？

      搜索引擎搜索“國家基因庫生命大數據平臺” → 訪問【國家基因庫生命大數據平臺】→ 導航欄點擊【科學數據庫】→ 點擊【STOmicsDB：空間轉錄組學數據庫】

      * STOmicsDB由CNGBdb團隊設計開發，如果您有任何問題和建議, 可隨時聯系CNGBdb@cngb.org。

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